玩转uniprot数据库-金狮贵宾会3420055

手艺专栏

玩转uniprot数据库

供稿：手艺部

宣布时间：2022-06-07 金狮贵宾会-宾至如归-尊贵-显赫

浏览量：3580次

一、Uniprot卵白数据库先容及使用详解

Uniprot数据库是资源最广、信息最富厚的卵白质数据库，是盘问卵白功效的首选数据库。Uniprot数据库由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库组成，数据主要来自于各物种基因组测序完成后获得的全基因卵白质序列，并包括了许多来自文献中的卵白及其功效信息。尤其是swiss-prot 子数据库，库中卵白质信息都是手工核对过的，非冗余，有详细注释信息的卵白数据。作为一名科研事情者，Uniprot数据库的使用手艺应该是必备的手艺之一。

（1）UniProtKB（UniProt Knowledgebase）是卵白质序列、功效、分类、交织引用等信息存取中心;UniProtKB 主要由两部分组成∶

UniProtKB/Swiss-Prot∶高质量的、手工注释的、非冗余的数据集;主要来自文献中的研究效果和 E-value 校验过盘算剖析效果。有质量包管的数据才被加入该数据库;

UniProtKB/TrEMBL∶该数据集包括高质量的盘算剖析效果，—般都在自动注释中富集，主要应对基因组项目获得的大宗数据流以及人工校验在时间上和人力上的缺乏。注释所有可用的卵白序列。在三大核酸数据库（EMBL-Bank/GenBank/DDBJ）中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中。它也有来自 PDB 数据库的序列，以及Ensembl、Refeq和 CCDS基因展望的序列;

（2）UniRef（UniProt Non-redundant Reference）将亲近相关的卵白质序列组合到一条纪录中，以便提高搜索速率。现在，凭证序列相似水平形成 3个子库，即 UniRef10 0、UniRef90和 UniRef50;

（3）UniParc（UniProt Archive）是一个综合性的非冗余数据库，包括了所有主要的、果真的数据库的卵白质序列。由于卵白质可能在差别的数据库中保存，并且可能在统一个数据库中有多个版本，为了去几余，UniaraParc 对每条唯—的序列只存—次无论是否为统一物种的序列，只要序列相同就被合并为一条，每条序列提供稳固的、唯一的编号 UPI。该数据库含有卵白质的序列信息，而没有注释数据。

UniProt 数据库中，UniProtKB/Swiss-Prot 是我们最常用的，今天我们主要先容这个数据库的使用。我们在输入栏中输入CCL4L2，点击search，就会泛起差别物种该卵白的详细信息。找到我们想要的物种条目，点击进入。

Uniprot数据库主要子数据库组成：

以上子数据库间的关系如下：uniprot会网络EMBL，GenBank，DDBJ等公共数据库中的卵白质序列及功效信息等原始数据，处置惩罚后存入UniParc的非冗余卵白质序列数据库；UniPrc作为数据客栈，再划分给UniProtKB，Proteomes，UNIRef提供可靠的数据集，其中在UniProtKB数据库中Swiss-Prot是由TrEMBL经由手动注释后获得的高质量非冗余数据库，也是我们最常用的卵白质数据库之一。

金狮贵宾会-宾至如归-尊贵-显赫

Uniprot数据库官方链接：https://www.uniprot.org/

1. 单个卵白质信息盘问

下图是Uniprot官方网站首页，在UniprotKB栏输入卵白ID或Accession number，然后点击search，就可以盘问卵白功效。

金狮贵宾会-宾至如归-尊贵-显赫

我们以HUMAN CCL4L2为例，搜索其在Uniprot数据库中的信息，如下图，页面默认显示Entry模式，页面显示内容包括：卵白名称、物种泉源、GO功效注释、亚细胞定位、组织特异性表达情形、互作卵白、Domain、序列信息、同源卵白以及其他数据链接等信息。

金狮贵宾会-宾至如归-尊贵-显赫

点击Display下Publications按钮，数据库会展示该蛋鹤揭晓已经收录的文章。

金狮贵宾会-宾至如归-尊贵-显赫

2. 批量卵白质信息盘问

若是需要盘问的卵白较多，则可以通过点击首行使命栏Retrieve/ID mapping，如下图，盘问卵白列表可直接粘贴在下图1. Provide your identifiers文本框中，也可以将卵白ID单列粘贴于TXT文本中提交到网站。另外该页面2. Select options 还可提供ID转换功效，支持多种数据库间的ID转换。

金狮贵宾会-宾至如归-尊贵-显赫